Un fapt putin cunoscut este acela ca nu exista drumuri de legatura intre Juneau si restul statului Alaska. Singura modalitate de a ajunge la Juneau este pe calea aerului sau pe mare. Alaska Airlines este singura companie care ofera legaturi zilnice spre Juneau dinspre Seattle si Anchorage. Zboruri exista si spre alte comunitati din sud-est, inclusiv Gustavus, Sitka, Wrangell, Petersburg si Ketchikan.