Cuenca dispune de cel de-al treilea aeroport ca si marime al tarii – Aeroportul Mariscal Lamar, dupa cele din Quito si Guayaquil. Aeroportul este amplasat la o distanta parcursa in 5 minute de la statia de autobuz a orasului, iar zborurile intre Cuenca si Quito dureaza 35 de minute, iar intre Cuenca si Guayanquil, doar 20 de minute. Inca din anul 2011 exista trei linii ce servesc orasul: TAME si AeroGal ce efectueaza zboruri zilnice din si spre Quito si Guayaquil, in timp ce LAN Ecuador efectueaza zboruri doar spre si dinspre Quito.