Fondarea colectiilor Muzeului Wiesbaden se datoreaza angajamentului civil din secolul al XIX-lea. Nucleul colectiei ajunge pana in secolul al XVIII-lea, si este bazat pe activitatea colectorului privat Johann Isaac Baron Gerning. O sugestie a lui Johann Wolfgang von Goethe care se afla la tratament in Wiesbaden a facut ca lucrarile de arta, antichitati si istorie naturala ale lui Gernings sa fie achizitionate de orasul Nassau si facute publice. Ca o consecinta s-au format trei muzee.

Dupa razboi, muzeul Wiesbaden a devenit punct central de colectare al americanilor. Dupa ce comorile depozitate aici au fost restituite proprietarilor lor, a inceput in anii 1950 si 1960, cu mijloace inca modeste, o faza de reinitializare a colectiilor. In aceasta perioada au fost puse bazele celei mai valoroase colectii ale muzeului, colectia Jawlensky.

In anul 2007, muzeului i-a fost acordat titlul de Muzeu al Anului pentru expozitiile organizate si pentru activitatea de colectare in domeniul artei moderne.